A pocos kilómetros de distancia del acueducto de Cocoyoc, el de San Carlos, también ubicado en Yautepec, atraviesa por una grave situación de deterioro, debido al paso de vehículos de carga pesada sobre la carretera Cuautla-Cuernavaca. Ambos inmuebles, construidos hace varios siglos, encierran una larga historia sobre la producción azucarera de Morelos.

De acuerdo con el arqueólogo Édgar Merino, el acueducto podría ser beneficiado a través del programa de restauración Fondo de Apoyo a Comunidades para Restauración de Monumentos y Bienes Artísticos de Propiedad Federal (Foremoba), el cual tiene el fin de apoyar a las comunidades rurales o urbanas del país en la conservación y mantenimiento de los monumentos históricos y bienes artísticos. Además, habría otra forma:

"El acueducto también podría restaurarse a través del Presupuesto de Egresos de la Federación", agregó, como una segunda opción.

En el caso de Cocoyoc, el deterioro del acueducto de esa exhacienda ha llevado a un grupo de pobladores a organizarse en un movimiento cultural que busca hacer posible su restauración, de la mano de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM) y el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).